Se trata de un monasterio cluniacense de los siglos XI- XIV. El de San Zoilo fue un monasterio que tuvo gran expectación entre los peregrinos primitivos, sobre todo debido al hospital Camino de Santiago y aquí están los sepulcros de los Infantes de Carrión.
Fundado en el siglo X con el nombre de San Juan Bautista y reformado en el siglo XI, más tarde tomaría el nombre de San Zoilo. Estuvo adscrito originariamente a la orden de los benedictinos, pero a lo largo de los siglos ha estado en manos de cluniacenses y jesuitas, y hasta hace muy poco tiempo funcionó como Seminario Menor.
Destaca para visita el Claustro, plateresco, obra de Juan de Badajoz, Pedro Torres, Juan de Bobadilla, Juan de Celaya y Miguel Espinosa, entre otros.
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