Fundado a finales del siglo IX, durante el reinado de Alfonso III, por un grupo de monjes cristianos cordobeses. Estaban dirigidos por el abad Alfonso y se asentaron sobre los restos de una iglesia visigoda consagrada al arcángel San Miguel.
En 1050 se renovó la fundación, abriéndose la puerta por la que hoy se accede al templo. Con la Desamortización, las últimas posesiones del monasterio fueron expropiadas.
En las excavaciones realizadas en 1968 aparecieron, en el subsuelo de la capilla románica, los cimientos del ábside de la primitiva iglesia visigoda.
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